肝穿刺既是一种检查方法，也是一种治疗手段。
作为检查主要是指肝穿刺。当临床遇有一些诊断不明的肝脏疾患时，可考虑做肝穿刺。如疑为肝炎而难以确诊者或需进行病理检查协助分型者；长期低热病例，经全面检查已排除其他病患，考虑为肝病所致者；肝肿大和（或）脾肿大原因不明者，或需与肝结核、脂肪肝等疾患相鉴别者；病毒性与药物性所致肝损害情况不明者等。另外，肝脓肿患者可通过肝穿刺抽出脓液，明确诊断。
一般肝穿刺时， 尽可能细针穿刺，负压抽吸细胞或组织。所需仪器或设备少，对工艺要求也相对简单。
作为一种治疗手段，主要是通过经皮肝穿刺导入导丝，引流管， 胆道支架， 球囊等设备对肝脓肿，胆结石，阻塞性黄疸，胆道狭窄进行后续治疗。
肝穿刺是一种有创操作，由于肝脏是实体器官，是体内最大的储血器官（门静脉， 肝动脉双重供血，通过肝静脉流出） 还有肝内胆管，淋巴等管道系统，可能引起一些相应的并发症和危害，最常见的是出血，严重者甚至可以引起肝脏血肿。其次是肝脏的损伤，操作过程如果多次反复进行穿刺，会造成穿刺部位肝脏组织破碎，因而损伤肝脏。另外，还可能造成胆漏以及肿瘤的针道转移等。所以在做肝穿刺时尽可能细针穿刺，减少不必要的损伤。
肝穿刺操作可通过一步法和二步法实现，我们提倡二步法操作即先用细针穿刺，特别是通过肝穿刺建立通路处理胆道病变时，待穿刺成功后，先导入细导丝，再逐步引入导入鞘管和0.038英寸的粗导丝。另外在进行手术前的1~2天，需做好充分的准备，患者需要进行一些常规肝脏的生化检查以及凝血功能的检测，还要进行血常规和血小板的检测，在手术前的一天要用超声来定位穿刺点，了解穿刺点的周围有没有比较大的血管或者是肿大的胆囊。在进行肝穿刺以后需要住院休息几天。